De første eierne av Linderud var Mogens Lauritsøn 1646-1726 og Anne Bentsdatter 1654–1697 som bygslet Linderud fra 1671 og kjøpte gården i 1679.
Erich Mogensøn 1687–1742 og Johanne Neve 1699–1755 kjøpte Linderud i 1713 og bygde ny hovedbygning i utmurt bindingsverk. De brukte stedet som lystgård, men flyttet inn permanent i 1730.
Mogens Larsen Monsen 1727–1802 og Marthe Holther 1722–1755 og Helene Cathrine Büchler 1740–1831 (Mor Monsen) brukte Linderud som lystgård med stor selskapelighet med besøk av bl.a. kronprins Frederik i 1788. Rundt 1750 ble det satt inn nye vinduer og bygningen ble gulmalt. Rundt 1770 fikk ballsalen nye veggmalerier.
Haagen Mathiesen 1759–1842 giftet seg med Marthe Beate Monsen 1766–1823 i 1790. De brukte Linderud som lyststed frem til 1812 da tjenerfløyen i 3 etasjer i panelt, utmurt bindingsverk ble bygget. Hovedfløyen ble forlenget 2,8 m og hvitkalket. Familien flyttet da permanent inn på Linderud.
Mogens Larsen Mathiesen 1799–1875 og Johanne Hedevig (Hanna) Gløersen 1800–1885 bodde fast på Linderud. I 1835 ble nye uthus gjenreist etter en stor brann. I 1840-årene ble takgesimsen hevet og bygningen ble panelt og etter hvert gulmalt. Det ble satt inn nye vinduer og støpejernsøyler i svalgangen.
I 1876 bygde Hanna Mathiesen nytt fjøs i teglstein. Hanna Mathiesen drev gården frem til sin død (1885).
Haaken Christian Mathiesen 1827–1913 flyttet inn på Linderud i 1882 som enkemann. Han hadde da vært gift med søstrene Anne Sophie Larpent 1833–1863 og etter hennes død, Louise Larpent 1836–1875. I 1880-årene ble det bygd ny glassveranda mot hagen i syd og nytt inngangsparti. Fjøset ble utvidet i 1895–97.
Christian Pierre Mathiesen 1870–1953 og Celina Ihlen 1874–1948 flyttet inn i 1914 etter en større ombygging: Glassveranda mot vest, inngangsparti og søyler mot gårdsplassen, hall over to etasjer og endringer i interiørene.
I 1923 ble stallfløyen revet og erstattet med nybygg. 1933-34 ble det innredet leilighet over to etasjer i fløybygningen for gårdsbestyreren, senere for sønnen Erich Mathiesen. I 1940 ble eiendommen overdratt til Christian Pierres barn (Linderud sameie).
I 1950 ble hovedbygning og park overdratt til Linderud Stiftelse. Mellom 1954-1960 ble det foretatt bygningsarkeologiske undersøkelser og hovedbygningen ble restaurert av Jørgen Mathiesen 1901-1993 og Cecilie Mathiesen 1914-2003 som opprettet Linderud Stiftelse og bodde på Linderud fra ca. 1960 frem til 1981.
Hovedbygning og deler av hage og park ble fredet etter Kulturminneloven og Lov om Naturvern i 1960.
De store uthusbygningene sto helt frem til 1969, da de ble revet og erstattet med Linderud senter.